ქუთაისის ოპერის თეატრის ისტორია უკავშირდება საბჭოთა კავშირის პერიოდში, კერძოდ 1959 წელს სახალხო თეატრის ჩამოყალიბებას, რომლის სამხატვრო ხელმძღვანელი და დირიჟორი გახლდათ ბატონი თეიმურაზ კობახიძე; რეჟისორი - ოთარ ალექსიძე, ქორმეისტერი - ლეო ფაჩულია.

​

1960 წლის 21 ნოემბერს თბილისში ჩატარდა საბჭოთა კავშირის 40 წლისთავისადმი მიძღვნილი მხატვრული თვითშემოქმედების კოლექტივთა IX საიუბილეო ოლიმპიადა, სადაც ქუთაისის სახალხო ოპერა მაყურებლის წინაშე წარსდგა ზ. ფალიაშვილის ოპერით „დაისი“. ამ ფაქტმა საფუძველი ჩაუყარა ქუთაისში ოპერის თეატრის დაარსებას. მაშინდელი კულტურის მინისტრის ოთარ თაქთაქიშვილის, თბილისის ოპერისა და ბალეტის თეატრის დირექტორის დიმიტრი მჭედლიძისა და სახალხო თეატრის სამხატვრო ხელმძღვანელის თეიმურაზ კობახიძის ძალისხმევით ჩამოყალიბდა და 1969 წლის 27 დეკემბერს საზეიმოდ გაიხსნა ზ. ფალიაშვილის სახელობის თბილისის ოპერისა და ბალეტის სახელმწიფო თეატრის ქუთაისის ფილიალი ზ. ფალიაშვილის ოპერით „აბესალომ და ეთერი“. სპექტაკლის დამდგმელი რეჟისორი გახლდათ გივი გაჩეჩილაძე, ქორმეისტერები ავთანდილ განუგრავა და ავთანდილ მაჭავარიანი, ბალეტმეისტერი - ანზორ მაჭარაძე, მხატვარი - ივანე ასკურავა; კონცერტმეისტერები რუსუდან კილაძე, მედეა კობახიძე, ლალი ჯავახაძე, მანიჟე ფირცხალაშვილი. სპექტაკლში მთავარ პარტიებს ასრულებდნენ - ზურაბ ანჯაფარიძე, მედეა და პეტრე ამირანაშვილები, იუზა ქუთათელაძე, ლიანა ღვედაშვილი, ნათელა ტუღუში, ოლია ჭურღულია, ვლადიმერ კანდელაკი, ანზორ გოგოლაშვილი, იოსებ ოცხელი. სპექტაკლს დირიჟორობდა თეატრის მთავარი დირიჟორი, საქართველოს ხელოვნების დამსახურებული მოღვაწე თეიმურაზ კობახიძე.

​

1990 წლის 23 ივლისს თეატრი გახდა დამოუკიდებელი და მიენიჭა მ. ბალანჩივაძის სახელი. დღემდე თეატრმა განახორციელა მრავალი საოპერო  და საბალეტო სპექტაკლები.

​

თეატრი გამოირჩევა ეროვნული ოპერების მრავალფეროვნებით. ისეთი ოპერები, როგორიცაა  ზ. ფალიაშვილის „აბესალომ და ეთერი“ და „დაისი“, მ. ბალანჩივაძის „დარეჯან ცბიერი, ო. თაქთაქიშვილის „მინდია“ და „პირველი სიყვარული“, რ. ლაღიძის „ლელა“, ბ. კვერნაძის „მედეა“, დ. თორაძის „ჩრდილოეთის პატარძალი“, ა. კერესელიძის „ბაში-აჩუკი“, ვ. დოლიძის „ქეთო და კოტე“, ვ გოკიელის „წითელქუდა“ და მრავალი სხვა.

​

ამ ეტაპზე თეატრში იდგმება როგორც ქართველ, ასევე რუსი და დასავლეთ ევროპელ კომპოზიტორთა ოპერები.